Andy Kubert započal svou kariéru u společnosti DC Comics, kde ilustroval první a velmi úspěšné série Batman versus Predator a Adam Strange. Potom pracoval u Marvelu na populární sérii X-Men, která za jeho šestiletého působení byla dlouhodobě nejprodávanějším komiksem této firmy. U Marvelu rovněž ilustroval takové tituly jako Ghost Rider, Captain America, Ultimate X-Men a minisérii Marvel 1602, na níž spolupracoval s Neilem Gaimanem a která mu vynesla cenu Quill v kategorii nejlepší grafický román. S Grantem Morrisonem pracoval na Batmanovi, s Geoffem Johnsem na komiksu Flashpoint a s Joem Kubertem a J. Michaelem Straczynskim na komiksu Před Strážci: Sůva.
Krom toho, že ho časopis Wizard jmenoval jedním z deseti nejlepších malířů, učí Andy Kubert na Škole animace a komiksu Joea Kuberta v Doveru, ve státě New Jersey.